감염된 줄기는 목질부의 한 측면이 갈색 또는 황갈색으로 변색이 된다.

조직 괴사는 불과 몇 센티미터만 진행되기도 하고 줄기 전체로 확장되기도 한다.

나뭇가지에 발생한 병반은 겨울을 지나면서 받은동해나 다른 가지의 병해와 혼동되기 쉽다.

어린나무는 감염 후 1~2년 이내에 죽고 생장점 부근이 감염되면 고사율이 높아진다.

전염
줄기마름병균은 감염된 줄기에서 월동을 한다.

대부분의 감염은 생육초기인 5월에서 6월 사이에 발생하지만 전염원은 거의 일년 내내 존재한다.

가지치기, 기계적 손상 또는 줄기에 발생한 다른 병해 등으로 인한 상처가 주요 감염 부위이지만 상처가 아물게 되면서 발병은 줄어든다.

 예찰방법
갑자기 시드는 가지가 있는지 포장전체를 조사하고 시드는 가지의 표면을 관찰하여 짙은 색을 띠는부분을 찾는다.

짙은 부분의 껍질을 벗겨서 내부가 갈변되었는지를 관찰한다

.
방제
병원균은 가지에서 월동을 하고 포자를 형성하게 된다.

감염된 가지는 죽은 후에도 계속 포자를 형성하므로 조기에 제거하는 것이 중요하다.

식물 저항성 품종과 무병주를 식재하는 것이 가장 좋은 방법이며병에 걸린 가지는 병반 아래 15~20cm를 절단하여 소각한다.

약제방제시기는 5월에서 9월까지이다.